- Ayasofya Araştırmaları Merkezi
- Fatih Sultan Mehmet ve Ayasofya Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi (FSM DUAM)
- Evliya Çelebi Araştırmaları Merkezi
- Görsel İletişim ve Tasarım Uygulama ve Araştırma Merkezi
- İslam Sanatları Uygulama ve Araştırma Merkezi (İSM)
- İslam Hukuku Araştırmaları Merkezi (İHAM)
- Yazma Eserler Uygulama ve Araştırma Merkezi
- Vakıf Araştırmaları Merkezi